Shelter er baseret på Harlan Cobens bestseller-serie af bøger og følger historien om Mickey Bolitar, efter at hans fars død får ham til at starte et nyt liv i en forstad i New Jersey. Da endnu en ny elev forsvinder, bliver Mickey viklet ind i et net af hemmeligheder. Med hjælp fra to nye venner, Spoon og Ema, afslører de en mørk undergrund, der kan rumme svarene på årtiers forsvinden.