Da man im SGC seit dem Weggang des Atlantis-Teams nichts mehr von ihm gehört hat, wird die Prometheus im Auftrag des Pentagon auf eine Expedition in die Pegasus-Galaxie geschickt. Obwohl O’Neill Daniel die Teilnahme untersagt, besteht General Hammond darauf, ihn mitzunehmen. Bereits vom Start weg verläuft die Expedition nicht nach Plan. Es geht ein Hilferuf von einem im All treibenden Schiff ein, der die Neugier von Hammond weckt. Hammond und die Crew der Prometheus haben es nun mit einem unangenehmen Gegner zu tun, der als Goa’Uld Supersoldat getarnten Kriegerin Vala. Während General Hammond und seine Mitstreiter plötzlich auf die defekte Alkesh gebeamt werden, bleibt Daniel auf dem Schiff zurück. Zwischen ihm und der attraktiven Kriegerin Vala bricht ein erbittertes Katz und Maus Spiel um die Kontrolle der Prometheus aus. Auf der Alkesh versucht der Rest der Crew derweil das Triebwerk wieder fit zu machen, um Daniel zu helfen.