A Prométheusz az Atlantisz felfedezésére indul, amikor az út elején vészjelzést fog. A hajó ezért irányt változtat, hogy megmentse az üzenet küldőjét. Az üzenet küldőjének azonban más céljai vannak, és hamarosan már az övé is a Prométheusz, amelynek fedélzetén Daniel Jackson is ott ragad...