Gefrustreerd door de koers die de Katholieke Kerk vaart, vraagt kardinaal Bergoglio (Jonathan Pryce) toestemming van paus Benedictus (Anthony Hopkins) om in 2012 met pensioen te gaan. In plaats van het ontslag te aanvaarden, roept de introverte paus Benedictus, geconfronteerd met laster en gebrek aan zelfvertrouwen, zijn meedogenloze criticaster en toekomstige opvolger van Rome op om een geheim te onthullen dat de fundamenten van de Katholieke Kerk op hun grondvesten doet schudden. Achter de Vaticaanse muren begint een tweestrijd tussen traditie en vooruitgang, schuld en vergeving. Onderwijl proberen deze twee zeer verschillende mannen hun eigen verleden het hoofd te bieden om op die manier een gemeenschappelijke basis te vinden en een toekomstperspectief te creëren voor de kerk en haar miljard volgers wereldwijd.