Malgré la période des examens où tous les clubs font relâche, la Brigade SOS continue de fonctionner (au grand damne de Kyon). Maintenant, le club va donner des conseils et aider les lycéens. Leur première "cliente", Emiri Kimidori, leur est amenée par Mikuru. Le petit ami de celle-ci a mystérieusement disparu. Et ce petit ami n'est autre que le président du club informatique, que Haruhi avait martyrisé dès le début de l'année...