얼굴을 콘크리트에 쳐박고 질식사한 나카츠, 함께 사건 현장에 쓰러져 있던 쿠치키는 용의를 부인하고 UFO에서 사건 현장으로 내려온 우주인이 나카츠를 살해했다고 증언한다. 방범 카메라에도 UFO와 유사한 그림자가 비춰지고 있었다. 코난은 치바 형사 일행과 쿠치키 집을 방문하여 쿠치키에게서 이야기를 듣는다. 방문한 쿠치키의 방에서 코난은 어떤 물건을 발견하고 쿠치키의 이해하지 못할 행동에 대한 이유를 알아낸다. 코난은 UFO를 목격한 히나에게 UFO의 형태를 확인하고 사건에 대한 진상을 알아낸 코난은 모두를 불러모아 실험을 진행하는데...