Na Zemi zistia, že na základni Atlantídy je bomba, ktorá má explodovať pri otvorení červej diery smerom k materskej planéte Zem. Atlantis sa podarí včas informovať, ale do systému niekto pridal program, ktorý sa opäť pokúsil spojiť sa so Zemou a potom začal vysielať núdzový signál. Ten zachytili dve nepriateľské lode Wraithov, ktoré zmenili svoj kurz a teraz sa blížia k mestu pozemšťanov, Atlantíde.