Conan apprend que l'énigmatique Eisuke Hondo est porté disparu par ses camarades de classes, et qu'il a peut-être découvert l'endroit où est cachée Rena Mizunashi. Encore plus inquiétant, un tristement familier numéro de téléphone a été entendu là-bas. Le jeune détective décide de travailler en collaboration avec les agents du FBI pour dénouer ce mystère.